Zinātnieki atklāja ne tikai plašu tukšumu, bet gan patstāvīgu ekosistēmu. Aukstais gaiss alā un siltais, mitrais gaiss ārpusē veido miglu, kas pārvēršas mākoņos un rada unikālu mikroklimatu. Vietās, kur pirms simtiem tūkstošu gadu sabruka griesti, izveidojās milzīgi “gaismas logi”, caur kuriem saules stari sasniedz alas dibenu. Tur aug tropiski meži.
Biologi šeit identificējuši vairāk nekā 250 augu un dzīvnieku sugu, tostarp aklas zivis, caurspīdīgus vēžveidīgos un retas sēnes, kas pielāgojušās vidi bagātīgajai barības vielu videi. Atvērtākajās alas daļās reizēm var redzēt pērtiķus un putnus no apkārtējās džungļiem, kas nolaižas caur atvērumiem barības meklējumos, radot īslaicīgu pazemes un virszemes ekosistēmu krustpunktu.
Šondongas alas garums pārsniedz piecus kilometrus, augstums sasniedz 200 metrus un platums — 150 metrus; tā ir tik milzīga, ka varētu ietilpināt veselu debesskrāpju kvartālu. Alas sienās redzamie fosilie koraļļi liecina, ka šī Vjetnamas daļa kādreiz atradās zem senas jūras. Alas dziļākajā galā paceļas 80 metrus augsta kaļķakmens veidojums, ko pētnieki dēvē par Vjetnamas Lielo sienu. Aiz tās atrodas teritorija, kas joprojām nav izpētīta.